Baltské more a jeho časti, Rižský záliv a Fínsky záliv, ohraničuje severné a západné pobrežie Estónska. Šírka teritoriálnych vôd Estónska je 12 námorných míľ (približne 22,2 km). Väčšia časť pobrežia Estónska je veľmi členitá. Dĺžka pobrežia pevniny je 1 242 km, dĺžka pobrežia ostrovov približne 2 551 km (z čoho najväčší ostrov Estónka - Saaremaa má 854 km dlhé pobrežie).
V Baltskom mori sa neustále objavujú nové ostrovy. Je to následok postupného zdvíhania sa zemskej kôry. V severozápadnom Estónsku je to každý rok v priemere o 3 mm. Otvorené more smerom od ostrovov Saaremaa a Hiiuma skrýva početné plytčiny a útesy. 15 km severozápadne od ostrova Hiiuma je známa plytčina Hiiu. V týchto miestach dosahuje voda hĺbku len okolo 1 metra. Niektoré miesta sú takisto veľmi plytké pre veľké lode. Západne od teritoriálnych vôd Estónska sa more stáva hlbším. V rámci teritoriálnych vôd Estónska je maximálna hĺbka mora vo Fínskom zálive okolo 100 m, zatiaľ čo v Rižskom zálive je to len 50 – 60 m.
Pri porovnaní hydrologických pomerov Rižského zálivu, mora Väinameri (sú pobrežnými plytkými moriami, relatívne malej plochy a slabým spojením s otvoreným morom) s otvoreným morom smerom od Saaremy a Fínskeho zálivu, zistíme značné rozdiely. Rižský záliv a more Vainameri majú menšie vlny, väčšiu fluktuáciu teploty a hladiny vody a hrubšiu a stálejšiu pokrývku ľadom ako otvorené more.
V zime dosahuje more v centrálnych častiach teplotu 1 – 2 °C, zatiaľ čo v zálivoch a pobrežných územiach je pokryté vrstvou ľadu (voda v pobrežných oblastiach zamŕza pri teplote -0,2 až -0,4 °C). More dosahuje maximálnu teplotu prevažne v júli a auguste. More západne od ostrovov dosahuje priemernú teplotu 16 – 17 °C, zatiaľ čo pobrežné more dosahuje priemernú teplotu 18 – 19 °C. Maximálna teplota môže však vystúpiť až na 26 °C.
Ľad sa formuje pozdĺž pobrežia každú zimu. Doba výskytu prvej, tenkej vrstvy sa mení každý rok a závisí od počasia. V zálivoch západného pobrežia Estónska (územie, kde sú najvyhovujúcejšie podmienky) voda zamŕza niekedy už v polovici októbra alebo začiatkom novembra. Naopak, po teplejšej jeseni, môže zamŕzať až koncom januára. V blízkosti pobrežia môže byť hrúbka ľadu až 80 cm. Ľad sa začína zvyčajne topiť v marci.
Priemerná salinita mora je 5 – 7 ‰. V Rižskom zálive 6 – 3,5 ‰ a Fínskom zálive 4 – 1 ‰.
Prúdenie v Baltskom mori závisí od smeru a rýchlosti vetra. Pohyby vody pozdĺž estónskeho pobrežia smerom na východ sú častejšie. Silné západné vetry zdvíhajú hladinu vody, zatiaľ čo východné vetry spôsobujú jej pokles. V extrémnych prípadoch hladina mora stúpla o 2 – 2,5 m oproti priemeru, či poklesla o 1,2 m pod priemer. Priemerná výška vĺn je 1 – 2 m. Počas silných búrok vlny môžu dosiahnuť na otvorenom mori 10 m, vo Fínskom zálive 6 m a v Rižskom zálive 3 – 4 m.