Priemyselná výroba Estónska prešla približne za posledné storočie značným vývojom. Koncom 19. a začiatkom 20. storočia sa začala prvá industrializácia. V období rokov 1923 – 1924 je dokončená železničná sieť, začalo sa využívanie horľavých bridlíc v priemysle a stúpa produkcia papiera a dreva. Za pomoci investičného kapitálu z Nemecka sa rozširuje využívanie horľavých bridlíc a fosforitu. Po druhej svetovej vojne, sovietske úrady venovali značnú pozornosť priemyselnej obnove.
Z Moskvy bolo riadených 90 % priemyslu. Napriek dominancii ťažkého priemyslu v celom ZSSR, v roku 1973 spotrebný priemysel Estónska prevýšil podiel ťažkého priemyslu na tvorbe národného dôchodku. Estónsko naďalej ostáva najväčším spracovateľom horľavých bridlíc a v rámci Sovietskeho zväzu je významným exportérom elektrickej energie.
Po roku 1991 dochádza k reštrukturalizácii celého hospodárstva a poklesu priemyselnej výroby. V súčasnosti patria medzi najvýznamnejšie nasledovné odvetvia:
Na lesníctvo nadväzuje jedno z najdôležitejších odvetví výrobného priemyslu – drevárenský priemysel. Podieľa sa 16,4 % na celkovom výrobnom priemysle. Podniky venujúce sa drevárenskej výrobe sa nachádzajú na celom území Estónska, najväčšie centrá sú v Tallinne, Tartu a Pärnu.
Dôležitým odvetvím premyslenej výroby je potravinársky priemysel, ktorý prešiel tiež výraznou zmenou za posledné obdobie. Jednak sa rozmohlo privátne vlastníctvo spoločností. A tiež Estónci začínajú čoraz väčšmi uprednostňovať domáce produkty. Potravinárky priemysel tvoril v roku 2004 približne 17,7 % z celkovej priemyselnej produkcie. Najväčší podiel na potravinárskej produkcii dosahuje mliekarenský priemysel (31 %), produkcia nápojov (18,2 %), mäsový priemysel (17,1%) a pekárenský priemysel (14,1 %). Medzi najväčšie firmy patrí spoločnosť Kalev produkujúca cukrovinky, výrobcovia piva Saku pri Tallinne a A´le Coq v Tartu.
Strojárenský priemysel Estónsku má takisto dlhú tradíciu. Dnes tvorí celkovo 17 % z celkovej priemyselnej produkcie. Je odhadované, že asi približne 60 % z celkového obratu v strojárenskom priemysle, pochádza od subdodávateľov. Vo výrobe dopravných zariadení, okrem stavby lodí, začína rásť aj produkcia spojená s automobilovým priemyslom. Spolupráca so švédskymi firmami ako napr. Volvo, Saab či Scania je plne rozvinutá. Vo výrobe strojov a zariadení dominuje produkcia poľnohospodárskych a lesníckych zariadení, kotlov, tepelných zariadení a.i.
Chemický priemysel prešiel tiež zmenou, upustilo sa od výroby hnojív z fosforitu a výroby benzénov, produkcia farmakologických výrobkov poklesla. Chemický priemysel sa koncentruje v kraji Ida – Virumaa a je založený predovšetkým na spracovávaní horľavých bridlíc. Spoločnosť Viru Keemia Group je najväčším producentom horľavých bridlíc nielen v Estónsku, ale dokonca na celom svete. V roku 2004 predala približne 160 tis. t horľavých bridlíc.