Na Slovensku sa z hľadiska dopravy využívaju pírodné vodné toky v dĺžke 250 km a umelé kanály v dĺžke 38,5 km. V súčasnosti na prepravu vyhovuje len rieka Dunaj a upravený dolný tok Váhu po Sereď. Plánované splavnenie Váhu je rozdelené do zvyšných 3 etáp a smerujú k úplnému prepojeniu Váhu s Odrou a tým pádom priamo Baltik s Jadranom (I etapa: Komárno - Sereď, ukončená r. 1998; II: Sereď - Púchov; III: Púchov - Žilina; IV: Žilina - Odra).
Vodná doprava sa vyznačuje nižšou energetickou náročnosťou, vyššou produktivitou práce a menším narušením životného prostredia. Je však pomalá. Z toho dôvodu má v našich podmienkach význam len doprava nákladná (preprava ropných produktov, rúd, koncentrátov, hutníckeho koksu, stavebných surovín, poľnohospodárskych produktov).
Rika Dunaj má veľký význam pre zahraničný obchod. Je súčasťou integrovanej vodnej cesty. Vybudovaním riečnej magistrály Rýn – Mohan – Dunaj v roku 1992 ju využívame od Čierneho mora (Izmail) do Atlantického oceánu (Rotterdam). Spája nás so 7 európskymi krajinami. Významným vodným dielom je Gabčíkovo, ktoré zlepšilo vodné podmienky pre riečnu dopravu. Po dostavbe časti Nagymaros na maďarskej strane, ktorú nariadil Európsky súdny dvor, by sa zvýšil význam bratislavského prístavu.
Prevádzkovateľom vodnej dopravy na Slovensku je Slovenská plavba a prístavy, a.s. Bratislava. Riečne prístavy sú v Komárne a Bratislave. Ich prekládková kapacita sa pohybuje okolo 5 mil. ton nákladu za rok. V Bratislave sa plánuje výstavba nového prekladiska minerálnych olejov mimo hlavného toku Dunaja v chránenom špecializovanom bazéne a výstavby Tovarového centra nákladnej dopravy v lokalite Pálenisko. Slovenské lodenice Komárno, a.s. sú jedinou slovenskou lodenicou